Le origini
Il Santuario affonda le sue radici ai primordi del cristianesimo. Esso sorge là dove c’era stato il tempio dedicato alla dea Minerva del quale, entrando in Chiesa, sulla destra, si conserva un cimelio: l’ara o una parte di essa, su cui venivano offerti dai Leuchesi i sacrifici alla dea.La tradizione vuole che a Santa Maria di Leuca sia sbarcato S. Pietro, il Principe degli Apostoli, proveniente dall’Oriente per recarsi a Roma.
Il Santuario è stato distrutto ben cinque volte dalla forza devastatrice, specie dei Turchi e dei Saraceni, ed è stato ricostruito sempre seguendo più o meno gli stessi muri perimetrali. La prima si ebbe in seguito all’editto di Diocleziano e di Galerio (293-311) che ordinava la demolizione di tutte le Chiese.
La Chiesa subì ancora varie devastazioni, e solo nel 1507 i Del Balzo fecero ricostruire il Santuario e lo arricchirono di una bellissima immagine della Madonna con il Bambino, opera di un discepolo del Tiziano, Giacomo Palma Junior, commissionata dal vescovo Giacomo del Balzo. Questa immagine sostituiva quella che la tradizione attribuiva a S.Luca, realizzata su commissione dei Leuchesi e quella di Giacomo Palma senior, entrambe andate distrutte.
Distrutto per l’ennesima volta dalla furia dei Saraceni e dei Turchi, il Santuario fu ricostruito nell’anno 1720 dal vescovo del tempo Mons. Giovanni Giannelli (1718-1743).
Egli utilizzò i muri perimetrali della chiesa precedente che era a tre navate. Le navate laterali sono state poi assorbite dalle cappellette, dove ora troviamo gli altari dedicati ai vari santi mentre si pensò di allungare l’unica navata ora esistente. Per evitare ulteriori distruzioni da parte dei Saraceni invasori, Mons.Giannelli ebbe una felicissima idea. Fece mascherare il Santuario da abitazione civile, facendone quasi una fortezza a due piani sopraelevati con tre finestre per ciascun piano. Della vecchia chiesa è rimasto solo il portale interno del 1500.